Expert-comptable pour médecin généraliste : secteur 1, ROSP et zones sous-denses

Le généraliste est le médecin dont les recettes sont les plus éclatées : des actes payés au fil de l’eau, des forfaits versés une ou plusieurs fois par an par l’Assurance maladie, des gardes réglées par d’autres circuits, et parfois des financements collectifs perçus par une maison de santé. Ajoutez un assistant médical, une SCM avec des confrères et des visites à domicile, et la 2035 devient un vrai travail de rapprochement. Ce guide détaille ce qui est propre à la médecine générale, avec un outil pour visualiser votre bénéfice.

Pour passer à la préparation concrète, consultez notre guide pour préparer le financement de votre installation à Bordeaux.

Installation, remplacement et montée en charge

Distinguer les honoraires de remplacement des recettes du cabinet évite de bâtir le budget d’installation sur une activité déjà pleine. Le prévisionnel doit intégrer le temps de constitution de la patientèle, le secrétariat et les premières échéances du local.

Les pièces utiles pour travailler ce point : relevés de recettes par mode d’exercice, contrats de remplacement, projet de bail et devis du secrétariat.

Le suivi à construire : recettes encaissées par demi-journée ouverte, charges fixes mensuelles et réserve de trésorerie. Ces indicateurs servent à comparer les décisions dans votre propre activité, sans appliquer une moyenne sectorielle comme une norme.

Si vous remplacez avant de vous installer, le micro-BNC s’applique jusqu’à 83 600 € de recettes annuelles, avec un abattement forfaitaire de 34 % (article 102 ter du CGI). L’Urssaf réserve en outre une offre simplifiée aux médecins qui effectuent exclusivement des remplacements et dont les honoraires rétrocédés n’excèdent pas 19 000 € par année civile : cotisations calculées à 13,50 % des honoraires déclarés, puis 21,20 % au-delà de 19 000 €, et sortie du dispositif l’année suivante si les rétrocessions dépassent 38 000 € sur l’année, ou 19 000 € deux années de suite. Le comparateur micro ou réel donne un premier ordre de grandeur.

Des recettes à plusieurs étages : actes, forfaits et objectifs

En médecine générale, les consultations ne sont qu’une partie du revenu. Le reste arrive par des canaux distincts, qu’il faut savoir reconnaître sur vos relevés bancaires.

La règle qui compte : au régime de la déclaration contrôlée, le généraliste tient une comptabilité de trésorerie. Un forfait ou une rémunération sur objectifs se déclare donc l’année où il est encaissé, et non l’année d’activité qu’il récompense. Un versement de rattrapage important peut ainsi gonfler une année sans que votre activité ait changé : il faut l’anticiper pour vos acomptes d’impôt et vos cotisations.

Le tiers payant (patients en ALD, maternité, complémentaire santé solidaire) multiplie les petits virements groupés. Un logiciel de suivi des télétransmissions, rapproché chaque mois de la banque, évite de découvrir en fin d’année des actes jamais payés.

Depuis 2026 : forfait médecin traitant et dotation numérique

Les lignes de forfaits du tableau ci-dessus ont changé de nom et de calendrier. Depuis le 1er janvier 2026, le forfait médecin traitant (FMT) se substitue au forfait patientèle médecin traitant et à la ROSP, et la dotation numérique (Donum) remplace le forfait structure.

Le socle du FMT est calculé patient par patient, sur la patientèle arrêtée au 31 décembre de l’année précédente. Les montants publiés par l’Assurance maladie pour 2026 :

S’y ajoutent 10 € par patient bénéficiaire de la complémentaire santé solidaire et une part prévention de 5 € par indicateur validé et par patient, sur quinze indicateurs (vaccinations, dépistages, suivis). Le forfait est ouvert aux médecins traitants de secteur 1 et à ceux de secteur 2 qui adhèrent à l’OPTAM.

Pour 2026, l’Assurance maladie a annoncé le solde du dernier forfait patientèle en mars, la dernière ROSP en avril, puis les quatre versements du FMT (deux en juin, un en septembre, un en novembre). La part prévention de 2026 ne sera versée qu’en avril 2027. La dotation numérique, plafonnée à 2 940 € par an (420 points à 7 €), est versée au premier semestre de l’année suivante, selon les indicateurs atteints au 31 décembre.

L’année 2026 encaisse donc à la fois la fin des anciens forfaits et le socle du nouveau : comparer vos recettes de forfaits d’une année sur l’autre sans ce calendrier fausse la lecture de l’activité, et le calcul des acomptes.

Visites à domicile, gardes et permanence des soins

Les visites : ne pas confondre les deux « IK »

Lors d’une visite, les indemnités de déplacement que vous facturez au patient sont des honoraires : elles entrent dans vos recettes. Vos frais de voiture, eux, sont une charge, que vous pouvez retenir au réel ou via le barème kilométrique, utilisable en BNC. Ce sont deux sujets distincts, et le barème suppose un relevé des trajets (dates, patients ou secteurs, kilomètres). Pour un généraliste qui fait beaucoup de visites, le choix entre barème et frais réels se chiffre, notamment selon la puissance et le coût du véhicule.

Au 1er janvier 2026, les tarifs conventionnels de métropole fixent la visite du généraliste à 30 €, la majoration de déplacement pour une visite justifiée à 10 € et l’indemnité kilométrique en plaine à 0,61 € par kilomètre. Toutes ces sommes sont des recettes. Côté charges, le simulateur barème kilométrique ou frais réels compare les deux méthodes à partir de vos kilomètres.

Gardes, régulation et exonération

Les gardes, astreintes et heures de régulation de la permanence des soins ambulatoires sont rémunérées selon des circuits propres, distincts de vos télétransmissions habituelles. Si vous exercez en zone sous-dense, ces rémunérations peuvent être exonérées d’impôt sur le revenu dans la limite de 60 jours par an (art. 151 ter du CGI) : elles doivent alors être isolées dans votre comptabilité pour être correctement retraitées sur la 2035. Les conditions de zonage sont détaillées dans notre guide Médecin généraliste : les aides en zone sous-dotée.

Si vous exercez au sein d’une association de type SOS Médecins, vous reversez en général une participation à la structure (standard, régulation, parfois véhicule) : c’est une charge déductible, à justifier par les relevés de l’association.

L’assistant médical : un recrutement en partie financé

La convention prévoit une aide au financement d’un poste d’assistant médical, en contrepartie d’engagements sur le nombre de patients suivis. Sur le plan comptable, deux mouvements à ne pas mélanger :

• l’aide conventionnelle est une recette imposable, déclarée en BNC l’année de son encaissement ;
• le salaire et les charges patronales de l’assistant sont des charges déductibles, au même titre que votre secrétariat.

Devenir employeur implique aussi des obligations : contrat, convention collective du personnel des cabinets médicaux, médecine du travail, mutuelle d’entreprise, paie. Et comme vos soins sont exonérés de TVA, vous pouvez être redevable de la taxe sur les salaires, souvent réduite ou neutralisée par les mécanismes de franchise et de décote pour un seul poste. Plusieurs confrères peuvent partager un assistant via leur SCM : l’aide et la répartition du coût doivent alors être cohérentes avec les engagements de chacun.

Les montants maximaux publiés par l’Assurance maladie sont dégressifs : pour un assistant à temps plein, 38 000 € la première année, 28 000 € la deuxième, puis 22 000 € par an à partir de la troisième (moitié moins pour un mi-temps : 19 000 €, 14 000 € et 11 000 €). Le contrat est signé pour cinq ans avec la caisse, par un médecin de secteur 1 ou adhérent à l’OPTAM. Les deux premières années, l’aide est versée en une fois ; à partir de la troisième, un acompte de 50 % est suivi d’un solde qui dépend de l’atteinte de vos objectifs de patientèle. Avec un poste qui coûterait par hypothèse 34 000 € par an, charges patronales comprises, l’aide dépasse ce coût de 4 000 € la première année, puis laisse 12 000 € à votre charge à partir de la troisième : c’est ce montant que l’activité supplémentaire doit couvrir.

La taxe sur les salaires se calcule par salarié sur la rémunération brute : 4,25 % jusqu’à 9 229 €, 8,50 % de 9 229 € à 18 423 € et 13,60 % au-delà, pour les salaires versés en 2026 (article 231 du CGI). Elle n’est pas due lorsque son montant annuel, tous salariés confondus, ne dépasse pas 1 200 €, et une décote s’applique jusqu’à 2 040 € (article 1679 du CGI). Pour un assistant à mi-temps payé par hypothèse 14 000 € brut par an : 9 229 × 4,25 % = 392,23 €, puis 4 771 × 8,50 % = 405,54 €, soit 797,77 €, donc rien à payer. À temps plein, le seuil est vite franchi.

Cabinet de groupe, SCM, maison de santé et SISA

En cabinet de groupe, la SCM porte les frais communs (loyer, secrétariat, assistant, logiciel). Elle dépose une déclaration 2036 et chaque médecin déduit sa quote-part sur sa 2035. Elle ne partage jamais les honoraires : chacun garde ses recettes et ses forfaits.

En maison de santé pluriprofessionnelle, les financements collectifs de coordination (accord conventionnel interprofessionnel) sont versés à une SISA, la seule structure qui permette de les percevoir. La SISA les affecte aux dépenses de coordination ou les répartit entre associés selon ses statuts ; la part qui vous revient s’ajoute à vos BNC. Beaucoup de maisons de santé combinent une SCM pour les frais et une SISA pour ces rémunérations : deux comptabilités, deux calendriers, et des flux à ne pas croiser.

Remplacements et collaboration : le remplaçant déclare ses rétrocessions en BNC ; le titulaire enregistre l’ensemble des honoraires encaissés sur son compte et déduit la rétrocession versée. Un contrat écrit, communiqué à l’Ordre, fixe le pourcentage et évite les litiges.

En SEL (SELARL, SELAS), depuis l’imposition des revenus 2024, la rémunération de votre activité libérale dans la société relève en principe des BNC. Le passage en société se raisonne sur votre revenu et vos projets, pas comme un automatisme.

Zones sous-denses, secteur 1 et fin de carrière

L’installation en zone sous-dense (aides conventionnelles, ZFRR, contrats d’engagement) fait l’objet d’un guide dédié, et les déductions forfaitaires propres au secteur 1 (groupe III, 3 %) sont détaillées dans Médecin conventionné secteur 1 : les déductions fiscales. Nous ne les reprenons pas ici, mais nous les appliquons systématiquement.

À l’autre bout de la carrière, la cession de patientèle a changé de nature : dans de nombreux territoires, la demande de soins est telle que le successeur n’achète plus grand-chose, et c’est parfois le cabinet, les murs ou les parts de SCM qui portent la valeur. Anticiper ce scénario évite de compter sur un prix de cession qui ne viendra pas. Voyez aussi Céder son entreprise individuelle.

Exemple chiffré : un généraliste en cabinet de groupe

Ordre de grandeur pédagogique, montants arrondis, pour un généraliste en secteur 1 associé d’une SCM :

Deux retraitements peuvent ensuite modifier le résultat fiscal : l’exonération des gardes si vous exercez en zone sous-dense, et les déductions forfaitaires du secteur 1. À l’inverse, un rattrapage de forfaits encaissé en fin d’année l’augmente d’autant.

Cotisations, prévoyance et retraite du généraliste

Vous cotisez à l’URSSAF pour la maladie et les allocations familiales, et à la CARMF pour la retraite (base, complémentaire et ASV) et l’invalidité-décès. En secteur 1, l’Assurance maladie prend en charge une partie de vos cotisations, dont les deux tiers de l’ASV : c’est un avantage réel, à intégrer avant toute réflexion sur un autre mode d’exercice.

Le point faible du généraliste est l’arrêt de travail. L’Assurance maladie verse des indemnités journalières du 4e au 90e jour, la CARMF prend le relais à partir du 91e jour, mais pendant ce temps la quote-part de SCM, le salaire de l’assistant et le loyer continuent de tomber. Une garantie frais généraux et des indemnités journalières complémentaires méritent d’être dimensionnées sur ces charges fixes. Les contrats Madelin se déduisent de l’impôt, mais pas de l’assiette des cotisations sociales. Le PER reste un levier dans la limite de son plafond.

Avant un premier échange : les pièces que nous demandons

Pour un généraliste, quatre documents suffisent à démarrer : le relevé annuel d’activité de l’Assurance maladie (actes et forfaits), les relevés bancaires professionnels, la dernière déclaration 2035 et les comptes de la SCM ou de la SISA. Nous y rapprochons chaque forfait de son encaissement, nous isolons les gardes susceptibles d’être exonérées et nous estimons vos cotisations avec le simulateur de cotisations sociales. Le suivi se fait ensuite à distance, sur Pennylane, avec des points en visioconférence.

Les questions voisines sont traitées spécialité par spécialité : la comptabilité du pédiatre (consultations complexes et congé maternité), la comptabilité du psychiatre (expertises judiciaires et téléconsultation) et la comptabilité du rhumatologue (expertises médicales et densitomètre).

Généraliste à Bordeaux et en Gironde : zonage et interlocuteurs

Le zonage des médecins arrêté par l’ARS Nouvelle-Aquitaine le 30 janvier 2026 ne traite pas la Gironde d’un seul bloc. Sur ses 535 communes, 163 sont classées en zone d’intervention prioritaire (ZIP), 317 en zone d’action complémentaire (ZAC) et 55 hors zonage. Bordeaux est hors zonage, sauf le quartier prioritaire du Lac, classé en ZIP. Dans Bordeaux Métropole, la plupart des communes sont hors zonage, dont Mérignac, Pessac, Talence et Bègles, et quelques-unes sont en ZAC, parmi lesquelles Blanquefort, Bassens, Parempuyre et Saint-Médard-en-Jalles. Les ZIP girondines couvrent notamment les territoires de Blaye, Coutras, Castillon-la-Bataille, Sainte-Foy-la-Grande, La Réole et Salles. Ce classement conditionne les aides à l’installation et l’exonération des gardes : vérifiez-le commune par commune avant de signer un bail.

Trois guichets reviennent ensuite toute l’année : la caisse primaire d’assurance maladie de la Gironde pour le conventionnement et les forfaits, l’Urssaf Aquitaine pour les cotisations, le conseil départemental de la Gironde de l’Ordre des médecins pour l’inscription au tableau, les contrats et la licence de remplacement des étudiants en médecine. L’ARS organise la permanence des soins ambulatoires selon un cahier des charges régional, avec un accès au médecin de garde par le 15.

Notre cabinet, situé à Bordeaux, travaille avec les généralistes de la métropole sur Pennylane et en visioconférence : voyez la page expert-comptable à Bordeaux et le guide pour chiffrer une installation de médecin à Bordeaux.

Parlons de votre cabinet de médecine générale

Un généraliste qui combine forfaits, gardes, SCM et parfois SISA a besoin d’une comptabilité qui distingue chaque flux et chaque structure. Nous rapprochons vos relevés de l’Assurance maladie, sécurisons vos exonérations et chiffrons vos projets (assistant médical, maison de santé, société).

Pour voir ces règles appliquées mois par mois, du remplacement à l’installation, suivez notre cas pratique chiffré d’une première année d’installation en Gironde.

En fin de carrière, trois sujets se préparent plusieurs années à l’avance : les droits acquis auprès de la CARMF et de la CNAVPL, présentés dans la retraite des professions libérales, la poursuite d’une activité après la liquidation, expliquée dans le cumul emploi retraite des libéraux, et la présentation de la patientèle à un successeur, détaillée dans céder ou racheter une patientèle.

Sources officielles

• Assurance maladie : le nouveau forfait médecin traitant : socle par patient, majorations, part prévention.
• Assurance maladie : rémunérations forfaitaires en vigueur en 2026 : calendrier des versements, dotation numérique.
• Assurance maladie : tarifs conventionnels des généralistes en métropole : visite, majoration de déplacement, indemnités kilométriques.
• Assurance maladie : aide à l’emploi d’un assistant médical : conditions, montants par année, versement.
• Urssaf : offre simplifiée des médecins remplaçants : seuils et taux de cotisation.
• Légifrance : article 151 ter du CGI : exonération de la permanence des soins en zone sous-dense, soixante jours par an.
• ARS Nouvelle-Aquitaine : le zonage des médecins : arrêté du 30 janvier 2026, carte et liste des communes classées en ZIP, en ZAC ou hors zonage.
• ARS Nouvelle-Aquitaine : permanence des soins ambulatoires : organisation par l’ARS, cahier des charges régional, accès par le 15.
• Conseil départemental de la Gironde de l’Ordre des médecins : inscription au tableau, contrats, remplacements, licence de remplacement.

Pour replacer ces décisions dans votre activité, retrouvez le parcours Médecins : choisir votre spécialité.

Si vous partagez un cabinet ou une maison de santé avec d’autres généralistes, notre méthode pour répartir les charges communes entre associés vous aide à bâtir le budget. Adaptez les hypothèses à vos contrats et à votre organisation.