Médecin conventionné secteur 1 : les déductions fiscales spécifiques

Le médecin conventionné de secteur 1 relève des bénéfices non commerciaux (BNC) et déclare son résultat sur la déclaration 2035. À ce titre, il bénéficie de déductions forfaitaires spécifiques que beaucoup de praticiens négligent d’optimiser.

Le cadre : BNC et déclaration 2035

Le médecin exerçant en libéral est imposé dans la catégorie des BNC (art. 92 du CGI). Au régime de la déclaration contrôlée (art. 96 du CGI), il tient une comptabilité de trésorerie et dépose chaque année une déclaration n° 2035 détaillant recettes et dépenses professionnelles. Les avantages qui suivent découlent de la doctrine administrative propre aux médecins conventionnés, codifiée au BOFIP sous la référence BOI-BNC-SECT-40.

La déduction de 2 % : un forfait de frais réservé au secteur 1

C’est l’avantage le plus connu. Le médecin conventionné de secteur 1 peut pratiquer une déduction forfaitaire de 2 % calculée sur le montant de ses recettes brutes, y compris les dépassements auxquels il a droit (DE ou DP), mais hors plus-values. Cette tolérance est prévue par la doctrine administrative (BOI-BNC-SECT-40, § 120 et suivants).

Ce forfait tient lieu de certains frais professionnels : frais de représentation, réception, prospection, cadeaux professionnels, travaux de recherche, blanchissage et petits déplacements.

Le groupe III et la déduction complémentaire de 3 %

En plus du forfait de 2 %, le médecin conventionné de secteur 1 au régime de la déclaration contrôlée bénéficie de la déduction du groupe III, fixée par un barème, et peut opérer sur la même assiette, ses honoraires conventionnels, une déduction complémentaire de 3 % (BOI-BNC-SECT-40, § 160). Ces deux déductions sont accordées en raison de l’adhésion à la convention : elles n’ont pas le caractère de déductions pour frais professionnels.

Les trois déductions en un tableau

Trois mécanismes, donc, qui n’ont ni la même nature ni la même base de calcul. Les textes applicables sont le BOI-BNC-SECT-40, dans sa version du 28 août 2024, et le barème BOI-BAREME-000025, inchangé depuis le 5 août 2015. La notice 2026 de la déclaration 2035 réserve une rubrique à chacune.

Le barème du groupe III

Le groupe III n’est pas un pourcentage : c’est un barème par paliers, propre à chaque catégorie de médecins. Pour un omnipraticien, la déduction part de 770 € lorsque les honoraires conventionnels de l’année n’excèdent pas 9 100 €, puis monte par paliers jusqu’à 3 050 € lorsqu’ils dépassent 30 450 €. Le plafond de 3 050 € est le même pour toutes les catégories ; seul le seuil qui y donne droit varie : 32 000 € pour les spécialistes médicaux, 36 550 € pour les chirurgiens, 64 000 € pour les électroradiologistes qualifiés. Dès que les honoraires conventionnels dépassent ce seuil, la déduction est de 3 050 €, sans autre calcul.

Qui peut les pratiquer, et à quelles conditions

Le BOFiP est restrictif, et chaque condition compte :

• Des médecins, et eux seuls. Sont visés les omnipraticiens, les spécialistes médicaux, les chirurgiens, les spécialistes chirurgicaux et les électroradiologistes qualifiés, « à l’exclusion formelle de toute autre catégorie de praticiens, même conventionnés ». Un chirurgien-dentiste, une sage-femme ou un auxiliaire médical conventionné n’y a pas droit.
• Le secteur 1. Le médecin de secteur 2 détermine son bénéfice selon les règles de droit commun : ni forfait de 2 %, ni groupe III, ni 3 %.
• La déclaration contrôlée. Au micro-BNC, l’abattement de 34 % tient lieu de toutes les charges : aucune de ces déductions ne s’y ajoute.
• Une 2035 déposée dans le délai légal. C’est la condition la plus souvent ignorée, détaillée dans l’encadré ci-dessous.
• Pour les 2 %, une option annuelle et globale. Elle porte sur l’année entière et sur l’ensemble des frais concernés, et se prend en principe au 1er janvier. Inscrire l’un de ces frais dans un compte de charges vaut renonciation au forfait pour l’année : ces dépenses se comptabilisent donc au compte de l’exploitant.
• Des « petits déplacements » entendus étroitement. Le forfait couvre le taxi, l’autobus et le stationnement à l’intérieur de l’agglomération. Les frais du véhicule professionnel restent déductibles à part, aux frais réels ou au barème : l’outil barème kilométrique ou frais réels permet de comparer les deux.

Remplaçants, cabinets de groupe et sociétés

Le remplaçant. Jusqu’au 28 août 2024, le BOFiP excluait expressément les médecins remplaçants, au motif qu’ils ne sont pas personnellement adhérents à la convention ; le régime leur devenait accessible à leur installation, s’ils choisissaient les honoraires conventionnels. La version actuelle a supprimé ce paragraphe avec toute la partie consacrée aux associations agréées, sans affirmer le contraire : le régime reste réservé aux médecins qui ont adhéré à la convention. Nous ne pratiquons donc pas ces déductions pour un remplaçant sans prise de position écrite de l’administration. Sa 2035, ses rétrocessions et ses cotisations sont traitées dans notre guide du médecin remplaçant et de la rétrocession d’honoraires.

Le cabinet de groupe. Lorsque les médecins conventionnés exercent en cabinet de groupe, le groupe III et les 3 % se calculent pour chaque associé, à partir de la part qui lui revient dans les recettes du groupement (§ 220).

La société de personnes, par exemple une société civile professionnelle. Le bénéfice est déterminé au niveau de la société : le forfait de 2 % n’y est admis que si elle est composée exclusivement de médecins de secteur 1 ou de praticiens admis à le pratiquer (§ 150). Un seul associé de secteur 2 suffit à l’écarter.

La société civile de moyens. Elle ne partage que des frais : chaque médecin dépose sa propre 2035 et applique les déductions à ses propres recettes. Les frais refacturés par la société suivent, eux, la clé de répartition décrite dans notre guide du cabinet partagé et de la répartition des charges.

La SEL soumise à l’impôt sur les sociétés. Les honoraires sont encaissés par la société, dont le résultat obéit aux règles de l’impôt sur les sociétés : le BOFiP, qui vise les médecins « soumis au régime de la déclaration contrôlée », n’y prévoit aucune de ces déductions. Quant à la rémunération de l’associé, imposée en BNC depuis 2024, le texte ne dit rien de son éligibilité : là encore, prudence tant que l’administration ne s’est pas prononcée.

Ce que ces déductions ne réduisent pas : vos cotisations

Depuis la réforme de l’assiette sociale, la déclaration 2035 calcule un « revenu brut social », base des cotisations avant un abattement de 26 %. La notice 2026 demande d’y rajouter les rubriques DG et DH, c’est-à-dire la déduction de 3 % et celle du groupe III. Ces deux abattements allègent donc l’impôt sur le revenu, pas les cotisations. La déduction de 2 %, qui remplace de vrais frais, reste déduite des deux côtés.

Dans l’exemple, le bénéfice imposable baisse de 12 210 €, mais la base des cotisations ne baisse que de 3 760 €. Notre simulateur de bénéfice et de cotisations du médecin permet de mesurer l’écart entre les deux bases à partir de vos propres chiffres.

Forfait de 2 % ou frais réels : le calcul à refaire chaque année

Associations de gestion agréées : un régime supprimé en 2025

Pendant longtemps, l’adhésion à une association de gestion agréée (AGA) évitait au médecin une majoration de 25 % de son bénéfice imposable. Cette majoration a été réduite par la loi de finances pour 2021, puis supprimée à compter des revenus 2023.

Reste la question des années passées. Une réclamation est recevable jusqu’au 31 décembre de la deuxième année qui suit la mise en recouvrement de l’impôt (article R. 196-1 du livre des procédures fiscales). Pour un médecin qui n’aurait pas pratiqué le groupe III et les 3 % sur ses revenus de 2023, imposés en 2024, le délai court donc jusqu’au 31 décembre 2026. Pour les revenus de 2022 et des années antérieures, il est expiré depuis le 31 décembre 2025.

Les autres postes à ne pas négliger

Au-delà des forfaits, le médecin déduit ses frais réels : cotisations CARMF, RCP (responsabilité civile professionnelle), URSSAF, matériel médical (amortissable), local, véhicule, formation (DPC)… Une déclaration 2035 bien tenue fait souvent plus de différence que les forfaits eux-mêmes. Pour le spécialiste qui opère en établissement, les honoraires encaissés par la clinique et la redevance qui lui est versée suivent leurs propres règles : contrat d’exercice et redevance du médecin en clinique.

Ces postes varient beaucoup d’une spécialité à l’autre. Notre page consacrée au médecin généraliste, de la visite à domicile aux forfaits de l’Assurance maladie les reprend pour le cabinet de médecine générale, et la page Médecin renvoie vers chaque spécialité. Le cadre commun à tous les libéraux, du micro-BNC à la caisse de retraite, est exposé dans notre page Professions libérales : BNC, 2035 et cotisations.

Forfait ou frais réels : le bon arbitrage

Tout l’enjeu est de comparer : pour certains praticiens, le forfait de 2 % est plus avantageux que les frais réels de même nature ; pour d’autres, l’inverse. C’est un calcul à faire chaque année, avec votre expert-comptable, en fonction de vos dépenses réelles.

Les charges spécifiques à bien suivre

Au-delà des forfaits, c’est la rigueur du suivi qui fait la différence sur la 2035. Postes à ne pas oublier :

• Cotisations sociales obligatoires : URSSAF, CARMF (retraite des médecins), allocations familiales, CSG/CRDS, avec une distinction importante entre la part déductible et la part non déductible.
• RCP (responsabilité civile professionnelle) et autres assurances professionnelles.
• Matériel médical : table d’examen, échographe, informatique… immobilisés et amortis s’ils dépassent le seuil de 500 € HT.
• Local (loyer ou quote-part du domicile), véhicule (au réel ou au barème kilométrique), formation continue (DPC), documentation, télétransmission.
• Contrats Madelin / PER pour la retraite et la prévoyance, déductibles dans certaines limites (art. 154 bis du CGI pour le Madelin).

Faut-il exercer en société (SEL) ?

Beaucoup de praticiens s’interrogent sur le passage en société d’exercice libéral (SELARL, SELAS). L’exercice en société permet de relever de l’impôt sur les sociétés, de lisser sa rémunération et d’arbitrer entre salaire et dividendes (voir notre guide Rémunération du dirigeant : salaire ou dividendes). Mais il alourdit la gestion et la fiscalité des dividendes du praticien. Ce choix se chiffre : il dépend de votre niveau de revenu, de vos besoins de trésorerie et de vos objectifs patrimoniaux.

Un point pèse dans la comparaison : les trois déductions décrites plus haut sont attachées à la déclaration contrôlée et ne se retrouvent pas dans le résultat d’une SEL soumise à l’impôt sur les sociétés. Dans notre exemple, cela représente 12 210 € de base imposable. Ce montant entre dans le chiffrage au même titre que le taux d’impôt de la société. Deux lectures pour aller plus loin : ce que la réforme change pour la rémunération des associés de SEL et notre guide Passer en SEL : SELARL ou SELAS, à partir de quand et comment.

En résumé pour le praticien

Le médecin de secteur 1 dispose de leviers spécifiques (forfait de 2 %, groupe III, déduction de 3 %, suivi rigoureux de la 2035) mais aussi de pièges (cumul forfait/réel, dépôt tardif de la déclaration, charges mixtes). L’optimisation se joue chaque année, en comparant forfait et frais réels et en sécurisant les justificatifs, un travail d’expert-comptable habitué aux professions médicales.

Les trois déductions sont appliquées à un exemple complet, avec leur effet sur l’impôt et sur les cotisations, dans notre cas pratique chiffré d’une première année d’installation en Gironde.

Le relevé SNIR de l’Assurance maladie sert de point de comparaison avec les recettes déclarées : son usage lors d’un contrôle est expliqué dans le contrôle fiscal d’un libéral.