Expert-comptable pour gastro-entérologue : endoscopie, clinique et redevances

Le gastro-entérologue libéral travaille rarement dans un seul lieu. Il consulte à son cabinet, réalise ses gastroscopies et coloscopies sur des vacations dans une clinique, parfois des actes de proctologie au cabinet, et dépend pour une grande partie de son activité d’un anesthésiste et d’un service de désinfection qu’il ne dirige pas. Sa comptabilité doit refléter cette organisation éclatée, et en particulier le poids de la redevance. Ce guide détaille ces spécificités, avec un outil pour estimer votre bénéfice.

Séparer consultation et activité technique en établissement

Les recettes de consultation, l’activité technique et les frais supportés en propre doivent être rapprochés de leurs conventions respectives. Le partage d’un plateau mérite un budget distinct : acquisition, entretien et disponibilité ne se résument pas à un pourcentage de recettes.

Les pièces utiles pour travailler ce point : conventions de plateau, relevés de reversement et contrats de maintenance à la charge du praticien.

Le suivi à construire : revenus par mode d’exercice, retenues et contribution au financement des équipements. Ces indicateurs servent à comparer les décisions dans votre propre activité, sans appliquer une moyenne sectorielle comme une norme.

Trois lieux d’exercice, trois économies

En exercice individuel, le gastro-entérologue relève des BNC et dépose une 2035. Mais ses recettes et ses charges n’ont pas la même logique selon le lieu.

Nous suivons ces trois blocs séparément : c’est le seul moyen de savoir ce que rapporte réellement une vacation d’endoscopie une fois la redevance déduite.

Endoscopie en clinique : vacations, redevance et contrat

Les vacations

Le gastro-entérologue dispose de vacations, des plages de salle d’endoscopie attribuées par la clinique, souvent partagées avec des confrères. Une vacation annulée ou sous-utilisée ne génère aucune recette, mais les frais fixes du cabinet et parfois une part de la redevance continuent de courir. Le taux de remplissage des vacations est l’indicateur de gestion le plus parlant de la spécialité.

La redevance

L’exercice en clinique repose sur un contrat d’exercice libéral, à communiquer au conseil de l’Ordre. Il fixe la redevance due en contrepartie des moyens mis à disposition : salle, infirmières d’endoscopie, désinfection, parfois secrétariat de programmation. Selon le contrat, elle prend la forme d’un pourcentage des honoraires, d’un forfait par acte ou par vacation.

Trois règles à retenir :

• la redevance est une charge déductible ;
• elle doit correspondre à des services réellement rendus, faute de quoi elle peut être regardée comme un partage d’honoraires ;
• lorsqu’elle est prélevée par la clinique sur les honoraires qu’elle encaisse pour vous, il faut déclarer les honoraires bruts en recettes et la redevance en charge.

Une quatrième tient à la TVA. La clinique facture sa redevance avec TVA, que le contrat parle de loyer, de forfait de salle ou de participation aux frais (BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-20, paragraphe 110). L’endoscopie étant un soin exonéré, vous ne déduisez pas cette taxe. Dans l’exemple de déclaration donné plus bas, la redevance de 30 000 € se décompose ainsi en 25 000 € hors taxe et 5 000 € de TVA : lorsqu’un contrat annonce « 10 % », demandez si le taux s’entend hors taxe ou toutes taxes comprises.

Pour mesurer ce que ces écarts changent à votre revenu, l’outil ci-dessous part de vos recettes et de vos charges ; il est aussi disponible seul, sur la page du calculateur de bénéfice et de cotisations du médecin.

Désinfection des endoscopes : qui paie quoi ?

Les endoscopes souples ne se stérilisent pas comme un instrument chirurgical : ils passent par des laveurs-désinfecteurs, font l’objet d’une traçabilité patient par patient, de contrôles microbiologiques réguliers et sont stockés dans des armoires dédiées. Ces coûts sont élevés et, en clinique, ils sont le plus souvent à la charge de l’établissement et couverts par la redevance.

Le référentiel est l’instruction DGOS/PF2/DGS/VSS1/2016/220 du 4 juillet 2016 sur le traitement des endoscopes souples thermosensibles à canaux, complétée le 2 août 2018 pour les duodénoscopes. Elle vise l’ensemble des lieux de soins, et pas seulement les cliniques : le praticien qui possède et traite ses propres endoscopes en porte les obligations, donc le coût.

Mais ce n’est pas systématique. Certains gastro-entérologues, seuls ou en groupe, sont propriétaires de leurs endoscopes ou d’une colonne. Il faut alors lire le contrat avec attention :

Acheter ses endoscopes : on amortit le prix TTC

Vos actes étant exonérés, la TVA payée sur une colonne vidéo ou sur un coloscope ne se déduit pas : elle entre dans le prix de revient du matériel et ne se retrouve que par l’amortissement (BOI-BNC-BASE-40-60-20, paragraphe 90). La dépense réelle, comme la dotation annuelle, dépasse donc de 20 % le montant hors taxe affiché sur le devis.

À plusieurs, l’achat passe souvent par une société civile de moyens. Les sommes qu’elle réclame à ses associés sont exonérées de TVA à condition de correspondre exactement à la part de chacun dans les dépenses communes (article 261 B du CGI) : une clé de répartition forfaitaire, sans rapport avec l’usage réel de la colonne, fragilise cette exonération autant que l’entente entre associés.

Coordination avec l’anesthésiste

La plupart des coloscopies et nombre de gastroscopies se font sous anesthésie. L’anesthésiste est un confrère libéral indépendant : il réalise sa consultation pré-anesthésique, facture ses propres honoraires et verse sa propre redevance à la clinique. Sur le plan comptable, cela implique :

• de ne jamais encaisser ni reverser d’honoraires pour le compte de l’anesthésiste ;
• de clarifier la prise en charge des frais communs, comme le secrétariat qui programme les deux praticiens ou le logiciel de planification. S’ils sont partagés, une SCM ou une convention écrite de répartition des frais évite les flux informels ;
• d’anticiper la dépendance : une vacation sans anesthésiste disponible est une vacation perdue.

Voyez aussi Expert-comptable pour anesthésiste.

Secteur 2, dépassements et encaissements

En secteur 2, le gastro-entérologue fixe des dépassements avec tact et mesure, et peut adhérer à l’OPTAM pour les encadrer en contrepartie d’une meilleure prise en charge de ses patients. En pratique, les honoraires d’une endoscopie arrivent en plusieurs flux : part Assurance maladie, part complémentaire, dépassement réglé par le patient, parfois via le service de facturation de la clinique. Le rapprochement entre ces encaissements, le relevé de la clinique et le relevé d’activité de l’Assurance maladie est indispensable : l’administration peut comparer vos recettes déclarées aux honoraires bruts qui y figurent.

Deux précisions propres à la spécialité. L’OPTAM-ACO, qui a succédé à l’OPTAM-CO le 1er janvier 2025, s’adresse aux spécialités chirurgicales, à la gynécologie-obstétrique et à l’anesthésie-réanimation, pour les médecins qui réalisent au moins 50 actes de chirurgie, d’anesthésie ou d’obstétrique par an : le gastro-entérologue de secteur 2 adhère, lui, à l’OPTAM. Les deux taux sur lesquels il s’engage (dépassement moyen et part d’activité à tarif opposable) sont calculés, pour la convention 2024 à 2029, sur son activité de 2022 et 2023 (source : ameli.fr). Quant à la prime OPTAM, rémunération annuelle qui dépend des honoraires réalisés à tarif opposable et du respect des engagements, elle se déclare l’année où elle est encaissée. Pensez à l’ajouter au rapprochement : versée par la caisse, elle ne figure sur aucun relevé de la clinique.

Les actes d’endoscopie et de proctologie sont des soins exonérés de TVA. Une expertise réalisée pour un assureur ou un tribunal relève en revanche d’un autre régime et se qualifie à part.

Exemple chiffré : la redevance mal déclarée

Ordre de grandeur pédagogique, montants arrondis et hypothèses simplifiées.

Un gastro-entérologue réalise en clinique 300 000 € d’honoraires sur l’année. Son contrat prévoit, par hypothèse, une redevance de 10 %, prélevée directement par la clinique, qui lui reverse 270 000 €.

L’erreur n° 1 déduit deux fois la redevance et minore le bénéfice de 30 000 € : c’est une insuffisance de déclaration. L’erreur n° 2 est neutre sur le bénéfice, mais vos recettes ne correspondent plus au relevé d’activité de l’Assurance maladie, ce qui peut déclencher une demande de justification. Seule la première ligne est à la fois exacte et cohérente.

Cotisations, prévoyance et retraite du gastro-entérologue

Le gastro-entérologue cotise à l’URSSAF et à la CARMF. En secteur 1, l’Assurance maladie prend en charge une partie des cotisations ; en secteur 2, cet avantage disparaît et le niveau des dépassements doit le compenser.

L’endoscopie interventionnelle (résections de polypes, gestes biliaires, écho-endoscopie) expose à une responsabilité civile professionnelle plus coûteuse que la consultation seule. L’Assurance maladie peut participer à la prime des spécialités à risque exerçant en établissement, sous conditions, notamment d’accréditation : c’est à vérifier chaque année.

Les paramètres sont ceux de l’article D. 185-1 du code de la sécurité sociale, et ils diffèrent de ceux des chirurgiens. La gastro-entérologie figure au 20° de la liste des spécialités à risque (article D. 4135-2 du code de la santé publique), où seuls les médecins ayant une activité interventionnelle peuvent demander l’accréditation. L’aide suppose que plus de la moitié de vos actes techniques soient des endoscopies digestives ou des actes de proctologie. Elle porte sur la part de prime comprise entre un seuil de 4 000 € et un plafond de 15 000 €, au taux de 50 % en secteur 1 ou en secteur 2 avec OPTAM, et de 35 % en secteur 2 sans option ; 500 € en sont versés à l’organisme d’accréditation, et le dossier se dépose à la caisse avant le 30 septembre de l’année suivante.

En cas d’arrêt, les vacations sont réattribuées à des confrères et peuvent être difficiles à récupérer au retour. La prévoyance doit couvrir le revenu, mais aussi les frais du cabinet et d’éventuels endoscopes financés à crédit. Le contrat Madelin se déduit de l’impôt, pas de l’assiette des cotisations sociales.

D’autres spécialités rencontrent des sujets proches, que nous détaillons à part : la comptabilité de l’oncologue (redevance d’établissement et recherche clinique), la comptabilité du rhumatologue (expertises médicales et densitomètre) et la comptabilité du cardiologue (plateau non invasif et exercice en clinique).

Gastro-entérologue à Bordeaux et en Gironde : où se pratique l’endoscopie

L’endoscopie sous anesthésie suppose une salle, donc un établissement. Dans l’agglomération bordelaise, l’Hôpital privé Saint-Martin, à Pessac, présente un pôle de gastroentérologie, la Polyclinique Bordeaux Rive Droite, à Lormont, affiche l’hépato-gastroentérologie, et la Polyclinique Bordeaux Nord Aquitaine, qui affiche une spécialité viscérale et digestive, dispose de salles d’endoscopie. Avant de vous engager avec l’un d’eux, trois chiffres se demandent par écrit : le nombre de vacations attribuées, le mode de calcul de la redevance et la part des frais de désinfection laissée à votre charge. Ce sont eux qui déterminent ce que vous rapporte une demi-journée d’endoscopie.

Le contrat d’exercice est déposé auprès du conseil départemental de la Gironde de l’Ordre des médecins. Pour la consultation en ville, votre caisse est la caisse primaire d’assurance maladie de la Gironde, et l’Urssaf Aquitaine recouvre vos cotisations. L’arrêté de zonage pris par l’ARS Nouvelle-Aquitaine le 30 janvier 2026 classe Bordeaux, Pessac et Lormont hors zonage.

Notre cabinet est à Bordeaux et travaille avec les gastro-entérologues de la métropole de la façon suivante : relevés de clinique et factures déposés sur Pennylane, taux de remplissage des vacations suivi chaque trimestre, rendez-vous en visioconférence. À lire aussi : le cabinet, expert-comptable à Bordeaux.

Parlons de votre activité de gastro-entérologie

Relevés de clinique, taux de remplissage des vacations, propriété des endoscopes : nous pouvons reprendre votre contrat d’exercice et vos encaissements pour vérifier que votre redevance est correctement traitée.

Pour un premier échange, réunissez le contrat d’exercice et ses avenants, les relevés de reversement de la clinique sur douze mois, le planning des vacations attribuées et tenues, les factures et contrats de maintenance des endoscopes si vous en possédez, et votre dernier appel de prime d’assurance. Le chirurgien viscéral et digestif avec qui vous partagez parfois le plateau a un contrat construit sur le même modèle, mais une aide à l’assurance calculée autrement : sa page détaille ces différences.

Sources officielles

• BOFiP, BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-20 : TVA des établissements de soins, redevances versées par les praticiens libéraux (paragraphe 110).
• Article D. 185-1 du code de la sécurité sociale : aide à l’assurance en responsabilité civile, seuil, plafonds et taux par spécialité.
• Assurance maladie : aide à la souscription d’une assurance en responsabilité civile professionnelle : conditions, formule de calcul, pièces et date limite.
• BOFiP, BOI-BNC-BASE-40-60-20 : TVA non récupérable comprise dans le prix de revient (paragraphe 90).
• Instruction du 4 juillet 2016 sur le traitement des endoscopes souples : référentiel de désinfection applicable aux lieux de soins.
• Assurance maladie : l’OPTAM et l’OPTAM-ACO : spécialités concernées et période de référence.
• ELSAN : l’Hôpital privé Saint-Martin, à Pessac : spécialités médicales et pôles de l’établissement.
• Polyclinique Bordeaux Rive Droite, à Lormont : spécialités de l’établissement, rattaché à GBNA Santé.

Pour replacer ces décisions dans votre activité, retrouvez le parcours Médecins : choisir votre spécialité.

Si vous partagez des locaux de consultation entre gastro-entérologues, la préparation du budget commun est détaillée dans notre guide. Adaptez les hypothèses à vos contrats et à votre organisation.